Membuat Animasi Docking

Bismillah.

Docking adalah suatu metode komputasi untuk melihat interaksi suatu molekul kecil obat terikat pada Reseptornya. Pada penelitian yang ane lakukan, alhamdulillah berhasil memvisualisasikan model interkalasi lunacridine terhadap DNA. Lunacridine yang diisolasi dari kayu Sanrego (Lunasia amara Blanco) memang telah diketahui sebagai penghambat DNA Topo II dengan mekanisme interkalasi. Hal ini disebabkan karena struktur planar dari cincin kuinolinnya. Untuk memvisualisasikan model tersebut, maka dibuatlah animasinya. menyenangkan bukan, bisa memperlihatkan secara komputasi interaksi suatu obat,hehehehe. Caranya mudah saja.

1. Hasil2 docking disave gambarnya dalam bentuk gif. bila run dockingnya ada 10x berarti model gambarnya yang disave juga ada 1o model

2. dengan fasilitas software UnFrezz, maka dibuatlah animasi tersebut.

jadi deh!!! silahkan mencoba sendiri.

Untuk Animasi docking saya dapat diklik disini.

Read Full Post »

Docking Molekuler dengan Autodock di Windows

Autodock merupakan aplikasi yang populer digunakan saat ini dalam studi docking molekuler. Software ini dapat anda download secara gratis di sini. Untuk melakukan setingan docking antara Ligand dengan Reseptor maka dibutuhkan software Autodock Tools (ADT), yang dapat juga didownload secara gratis di sini. Untuk informasi lebih lanjut dapat anda buka situs http://www.molmod.org

Aplikasi ini sebenarnya berbasis linux dan hasil docking juga bagus bila run di sistem operasi Linux, namun bagi yang ngga mau ribet dengan sistem Linux dan ingin menggunakannya di windows, aplikasi ini juga dapat jalan. Caranya dengan menginstalasi Cygwin yang dapat didownload di sini. Cygwin merupakan terminal Linux di windows. Perintah untuk running Autodock dapat dijalankan di Cygwin.

Selamat mencoba!

Note : The Scripps Research Institute telah merelease autodock vina yang bisa digunakan dgn command prompt di windows, tanpa perlu cygwin lagi.

Read Full Post »

Hyperchem, Tools Dasar dalam Molecular Modeling

Hyperchem, merupakan tools dasar dalam molecular modeling. Software ini dapat digunakan untuk menggambar struktur kimia, optimasi geometri dengan berbagai macam metode, study molecular dinamik dasar, study QSAR, dll

Untuk panduan Hyperchem, dapat dibaca dimenu Help pada software ini. Aplikasi QSAR dengan Hyperchem akan dibahas lebih lanjut pada pembahsan yang lain.

Untuk download software Hyperchem 7.5, silakan klik disini

Terimakasih

Read Full Post »

Molecular modeling dalam Kimia medisinal

PENDAHULUAN

Kimia medisinal adalah ilmu yang mempelajari segala hal tentang senyawa kimia yangberefek   terapi atau obat, mulai dari penemuan, pengembangan, identifikasi dan interpretasi cara kerja pada tingkat molekul, sampai pada sintesis senyawanya. Dalam mengembangkan senyawa penuntun obat, maka dilakukanlah berbagai eksperimen2 baik itu secara invivo maupun in vitro terhadap turunan sintesis senyawa penuntun agar didapatkan senyawa yang lebih poten.

Molecular modeling dengan dasar kimia komputasi sekarang ini banyak digunakan untuk pengemabnagan senyawa penuntun. Mulai untuk tujuan QSAR 2 dimensi hingga 3 dimensi, maupun studi docking molekular dan molecular dinamiknya.

Software kimia yang biasa digunakan seperti Hyperchem, Chem 3 D untuk pemodelan struktur kimia senyawanya, Autodock, Molegro, MOE, SYBYL, FleXX untuk studi docking molekularnya,. Charmm, Gromacs untuk simulasi dinamika molekul proteinnya.

Inilah sekilas aplikasi molecular modeling dengan basic kimia komputasi didalam kimia medisinal. laen waktu kita lanjutkan lagi

Wassalam

Read Full Post »