Bismillah.
Docking adalah suatu metode komputasi untuk melihat interaksi suatu molekul kecil obat terikat pada Reseptornya. Pada penelitian yang ane lakukan, alhamdulillah berhasil memvisualisasikan model interkalasi lunacridine terhadap DNA. Lunacridine yang diisolasi dari kayu Sanrego (Lunasia amara Blanco) memang telah diketahui sebagai penghambat DNA Topo II dengan mekanisme interkalasi. Hal ini disebabkan karena struktur planar dari cincin kuinolinnya. Untuk memvisualisasikan model tersebut, maka dibuatlah animasinya. menyenangkan bukan, bisa memperlihatkan secara komputasi interaksi suatu obat,hehehehe. Caranya mudah saja.
1. Hasil2 docking disave gambarnya dalam bentuk gif. bila run dockingnya ada 10x berarti model gambarnya yang disave juga ada 1o model
2. dengan fasilitas software UnFrezz, maka dibuatlah animasi tersebut.
jadi deh!!! silahkan mencoba sendiri.
Untuk Animasi docking saya dapat diklik disini.
Kak Pada saat Validasi Nilai RMSD yang mana di lihat Cluster atau Reference ..ataukah keduanya? (untuk nilai <2Angstrom dikatakan valid)
Reference
ass.ane syahril dari depok tahun ini ane mau skripsi,,dan dapet meteri mengenai docking,klo boleh bagi2 buku yang bisa dijadiin referensi,ebook nya juga boleh..
Asslm.wr.wb,, saya anna dari sulsel, mw bertanya ttng docking kak, karna kebetulan penelitian saya juga tentang docking. tp docking tanpa native ligan, na bagaimana cara kita memastikannya klw senyawa obat kita itu punya potensi besar sebagai inhibitor??? dan tentang nilai RMSD apakah tiap docking sllu bisa di tentukan ataukah hanya yang memiliki native ligan??? trimakasih, mohon bantuannya kak
assalamualaikum,,,saya endang dari kaltim…mw bertanya…judul penelitian saya tentang docking…na kak zubair boleh tanya2 kan…
begini Kak…misalnya saya sudah mendapatkan nilai2 na seperti nilai torsi maupun nilai2 ikatan2nya…Qt bisa tahu kalau hasil dari docking Qt bisa dijadikan obat tu dari mana nya ya Kak…apa dari misal ikatan hidrogen yang besar maka bisa dijadikan sebagai kandidat obat…
Kalo docking kan qt juga docking native ligand(=ligand yg terikat dgn protein dlm file pdb). docking ini dig. utk validasi (Docking diktkn valid jika RMSDnya < 2 Amstrong). Biasanya native ligand ini kan suatu obat yg telah terbukti. Dengan membandingkan nilai energi bebas dari hasil docking native ligand dan model senyawa kita, maka bs dikatakan seny.rancangan kita itu bisa jg sbg obat bila deviasinya atau perbedaannya < 2.5 kcal/mol (utk AutoDock, kl software lain mngkin punya nilai berbeda). Setelah itu bru kita liat keakuratannya hasil docking kita dgn membanding2 kan ikatan2 yg terbentuk dgn native ligand. Tp biasanya ikatan hidrogen itulah yg paling kuat yg menunjukkan bhw seny. rncngan kita memp. intraksi yg kuat